Announcements

This page contains useful announcements for group meetings, job openings or educational activities. 


ECCB18

posted Apr 6, 2018, 9:52 AM by Pantelis Bagos

On 8-12 September 2018 the Hellenic Society for Computational Biology and Bioinformatics will organise the seventeenth edition of the European Conference on Computational Biology in association with the ELIXIR. The ECCB 2018 will take place in the historic city of Athens in Greece.
It is the main computational event in Europe and will welcome scientists working in a variety of disciplines, including bioinformatics, computational biology, biology, medicine, and systems biology. Participating in ECCB 2018 will be the perfect opportunity to keep pace with cutting edge research, and to network with members of ECCB community.
For more information visit http://eccb18.org/

HuGE Review and meta-analysis: protocol

posted Apr 6, 2018, 9:51 AM by Pantelis Bagos

Introduction

Leishmaniases are cutaneous, mucocutanous and visceral diseases affecting humans and domesticated animals mostly in the tropical and subtropical areas of the planet. Host genetics have been widely investigated for the susceptibility to develop various infectious diseases. SLC11A1 gene has been reported to play a role in neutrophil function and is associated with susceptibility to infectious and inflammatory diseases such as tuberculosis or rheumatoid arthritis. In the present protocol we will perform a meta-analysis to investigate the genetic association of SLC11A1 polymorphisms with susceptibility to leismaniases.

Search Strategy

Pubmed and Scopus databases will be investigated in order to identify all the relevant publications regarding genetic association studies for the implication of SLC11A1 polymorphisms in all types of leishmaniasis. Terms that are going to be used for the search included: ‘NRAMP1’, ‘SLC11A1’, combined with ‘mutant’, ‘variant’, ‘polymorphism’, ‘SNP’, and ‘leishmaniasis’. No language restrictions will be imposed in order to avoid local literature bias. In particular we will demand  that the included studies should provide an estimate for the relative risk such as the odds ratio and its variance, or a p-value, or the necessary data from which it could be calculated. Importantly, both case-control and family-based studies will be included in the quantitative synthesis. To avoid selection bias, no restrictions will be imposed in the study selection procedure regarding study design, language or other quality measure. References of the retrieved studies will be scrutinized to include additional information (articles that the query missed, or other material from the grey literature).

Statistical Analysis

Odds ratio (OR) will be used to test the association between the polymorphic alleles and leishmaniasis in case-control studies, along with their 95%CIs (confidence intervals). In the case of zero cells, a continuity correction will be applied by adding the value 0.5 to all cells of the contingency table. Data will be analyzed using the random-effects method with inverse-variance weights. Three different contrasts will investigated corresponding to co-dominant, dominant and recessive modes of inheritance. The between study heterogeneity will be evaluated using the chi-square based Cochran’s Q statistic and the consistency index (I2). Control populations from case-control studies will be tested for Hardy Weinberg Equilibrium (HWE) for each polymorphism. The family-based studies will be included if they are based on the well-known family trio using the Transmission Disequilibrium Test (TDT), and we will try to do the same for studies based on extended versions like the S-TDT or the P-TDT. In order to include data of these studies, as a sole alternative, we will use a weighted version of the Stouffer’s method which uses the p-value of each study and a normal approximation (through the z-statistic). The weighting will be performed using the total sample size of each study. To estimate possible publication bias, the rank correlation method of Begg and Mazumdar, and additionally the fixed effects regression method of Egger will be applied. Influential meta-analysis will be performed by removing an individual study each time and re-calculating the statistical significance. In order to estimate a possible time trend in the results over years, a bias called “Proteus phenomenon”, cumulative meta-analysis will be performed. Two methods will be used: a) the standard cumulative meta-analysis approach, where we visually inspected the plot and b) a  more recently proposed, GLS regression-based method. In all analyses, STATA 13 will be used and results with p-value<0.05 will be declared considered statistically significant. Multiple testing adjustments will be performed according to Bonferroni and Holm methods.

ΠΡΟΚΗΡΥΞΗ ΘΕΣΕΩΝ ΓΙΑ ΤΟ ΔΠΜΣ ΠΛΗΡΟΦΟΡΙΚΗ ΚΑΙ ΥΠΟΛΟΓΙΣΤΙΚΗ ΒΙΟΙΑΤΡΙΚΗ

posted Dec 30, 2015, 3:05 PM by Pantelis Bagos

Προκήρυξη θέσεων Μεταπτυχιακών Φοιτητών για το Εαρινό Εξάμηνο του ακαδημαϊκού έτους 2015-2016

Τα Τμήματα Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική και Πληροφορικής της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας (ΠΘ), λειτουργούν από το ακαδημαϊκό έτος 2014-2015 Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) με τίτλο:
«Πληροφορική και Υπολογιστική Βιοϊατρική»
με στόχο την ειδίκευση πτυχιούχων/διπλωματούχων επιστημόνων στους τομείς:
  • της Υπολογιστικής Ιατρικής, της Υπολογιστικής Βιολογίας και των Εφαρμογών τους (ροή Βιοϊατρικής), και
  • της Ασφάλειας Υπολογιστικών και Τηλεπικοινωνιακών Συστημάτων, της Διαχείρισης Μεγάλου Όγκου Δεδομένων, και της Προσομοίωσης (ροή Πληροφορικής).
Περισσότερες πληροφορίες:  http://dib.uth.gr/?q=el/node/269

ΦΕΚ Εργαστηρίου

posted Dec 19, 2015, 2:43 AM by Pantelis Bagos

Το Εργαστήριο Μοριακής και Υπολογιστικής Βιολογίας και Γενετικής (ΕΜΥΒΓ), έχει πλέον και επίσημη νομική μορφή, καθώς με το ΦΕΚ με αριθμό ΦΕΚ 1269/τ. Β΄/2015, ιδρύθηκαν στο Τμήμα Πληροφορικής με Eφαρμογές στη Βιοϊατρική τέσσερα θεσμοθετημένα εργαστήρια.

Το Εργαστήριο Μοριακής και Υπολογιστικής Βιολογίας και Γενετικής (ΕΜΥΒΓ), δημιουργήθηκε για να καλύψει τις εκπαιδευτικές και ερευνητικές δραστηριότητες των φοιτητών και του προσωπικού του Τμήματος Πληροφορικής με Εφαρμογές στη Βιοϊατρική (ΤΠΕΒ) στα γνωστικά αντικείμενα: Μοριακή Βιολογία, Μοριακή Γενετική, Μοριακή Διαγνωστική, Κλινική Επιδημιολογία, Μοριακή και Γενετική Επιδημιολογία, Βιοπληροφορική, Γονιδιωματική, Υπολογιστική και Μαθηματική Βιολογία.

Το εργαστήριο έχει ως αποστολή:
  • την εκτενή κάλυψη των διδακτικών και εργαστηριακών αναγκών του Τμήματος σε προπτυχιακό και μεταπτυχιακό επίπεδο στα μαθήματα που σχετίζονται με το γνωστικό του αντικείμενο
  • τη διεξαγωγή βασικής και εφαρμοσμένης έρευνας σε θέματα συναφή με το γνωστικό αντικείμενο του εργαστηρίου, μέσω εκπόνησης πτυχιακών εργασιών, καθώς και μεταπτυχιακών και διδακτορικών διατριβών και την διάχυση των ερευνητικών αποτελεσμάτων μέσω της οργάνωσης σεμιναρίων, συνεδρίων, ημερίδων και διαλέξεων καθώς και την πραγματοποίηση δημοσιεύσεων σε έγκυρα επιστημονικά περιοδικά
  • την προσέλκυση πόρων στο πλαίσιο εκτέλεσης ερευνητικών έργων και παροχής εξειδικευμένων υπηρεσιών σε φορείς του ιδιωτικού και δημόσιου τομέα
  • την προσέλκυση υψηλού επιπέδου προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών, καθώς και μεταδιδακτορικών ερευνητών, από την Ελλάδα και το εξωτερικό
  • την ενεργή συμμετοχή σε μεταπτυχιακά προγράμματα σπουδών
  • την ανάπτυξη ερευνητικών και εκπαιδευτικών συνεργασιών με άλλα Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Ιδρύματα στην Ελλάδα ή το Εξωτερικό που αναπύσσουν όμοια ή συναφή δραστηριότητα
  • την παροχή υπηρεσιών σύμφωνα με τα προβλεπόμενα στο Ν. 159/1984 (Α’53).

IntDaMuS - final results

posted Dec 19, 2015, 2:38 AM by Pantelis Bagos

Τα τελικά αποτελέσματα του ερευνητικού έργου IntDaMuS, είναι διαθέσιμα στην παρακάτω ιστοσελίδα. Θα βρείτε πληροφορίες για τα παραδοτέα του έργου, τις δημοσιεύσεις, το λογισμικό που αναπτύχθηκε, αλλά και τα tutorials και τα workshops που έγιναν με αφορμή το ερευνητικό πρόγραμμα
http://www.compgen.org/intdamus/

IntDamus

posted Jun 4, 2015, 6:43 AM by Pantelis Bagos

Αγαπητοί συνάδελφοι και φίλοι,


Στο πλαίσιο του έργου IntDaMuS (Integration of Data from Multiple Sources), το οποίο υλοποιείται από το εργαστήριο μας μέσω του ερευνητικού προγράμματος ΑΡΙΣΤΕΙΑ ΙΙ, διοργανώνονται δύο workshops και ημερίδα, τα οποία θα πραγματοποιηθούν αντίστοιχα στις 25 και 26 Ιουνίου στο Τμήμα Πληροφορικής με Εφαρμογές στην Βιοϊατρική του Πανεπιστημίου Θεσσαλίας στην πόλη της Λαμίας.

Τα workshops έχουν θέμα την εισαγωγή στη μετα-ανάλυση και τις προηγμένες μεθόδους μετα-ανάλυσης. Στην ημερίδα θα παρουσιαστούν τα αποτελέσματα του προγράμματος ενώ έχουν προσκληθεί να δώσουν ομιλίες ειδικοί επιστήμονες του χώρου.

Περισσότερες πληροφορίες για τα workshops και για τον τρόπο συμμετοχής μπορείτε να δείτε εδώ:

http://www.compgen.org/intdamus/workshops

και για την ημερίδα εδώ:

http://www.compgen.org/intdamus/meeting

Η συμμετοχή είναι ελεύθερη ενώ για τα workshops θα δοθεί βεβαίωση παρακολούθησης.


Στο ερευνητικό έργο IntDaMuS εφαρμόζεται ένα ολοκληρωμένο πλαίσιο που γεφυρώνει δεδομένα και μεθόδους γενετικής επιδημιολογίας, με μεθόδους υπολογιστικής βιολογίας και βιοπληροφορικής. Η διεπιστημονική προσέγγιση που υλοποιείται για την ενσωμάτωση της βιοπληροφορικής με τη γενετική επιδημιολογία καλύπτει έναν ευρύ τομέα της έρευνας, που περιλαμβάνει στατιστικές και μαθηματικές μεθόδους, ανάπτυξη λογισμικού, βιοπληροφορική, καθώς και μοριακή βιολογία. Βασικός στόχος είναι η κατανόηση της μοριακής βάσης πολύπλοκων (πολυπαραγοντικών) ασθενειών όπως ο διαβήτης, η υπέρταση, η στεφανιαία νόσος κ.α. Τέτοιες ασθένειες είναι πολύ σημαντικές, δεδομένου ότι επηρεάζουν ένα μεγάλο τμήμα του ενήλικου πληθυσμού, και την ίδια στιγμή δείχνουν υψηλό βαθμό αλληλοσυσχέτισης (συν-εμφάνισης και αιτιωδών σχέσεων), που πρέπει να αντιμετωπιστούν με τη σύγχρονη στατιστική και τις νέες υπολογιστικές μεθόδους.

Περισσότερες πληροφορίες για το έργο IntDaMuS μπορείτε να δείτε εδώ http://www.compgen.org/intdamus



Ελπίζουμε να σας δούμε στη Λαμία,

Με εκτίμηση,

Παντελής Μπάγκος

Αναπληρωτής Καθηγητής

Το ελληνικό παράδοξο στην επιστημονική έρευνα

posted Dec 10, 2014, 2:47 AM by Pantelis Bagos   [ updated Dec 10, 2014, 2:48 AM ]

Το επιστημονικό περιοδικό Nature, δημοσίευσε πρόσφατα μια μελέτη (http://www.natureindex.com) που απαριθμεί τα άρθρα υψηλής επιστημονικής απήχησης του τελευταίου χρόνου (τις εργασίες που έχουνε δημοσιευτεί σε μια συλλογή απο τα σημαντικότερα διεθνή επιστημονικά περιοδικά). Με βάση αυτούς τους πίνακες, που μετράνε παραγωγικότητα έρευνας υψηλού επιπέδου χωρίς καμμία άλλη στάθμιση (δείκτης WFC), η Ελλάδα, κατατάσεται στην 32η θέση στον κόσμο, ενώ βρίσκεται στην προτελευταία ανάμεσα στις χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης (ΕΕ) πριν την διεύρυνση του 2004 (προσπερνάει το Λουξεμβούργο).

Βρίσκεται λοιπόν η Ελληνική επιστημονική έρευνα σε τόσο μεγάλη απαξίωση; Μια προσεχτικότερη ματιά στους πίνακες δείχνει κάτι απλό: η σειρά των χωρών στη λίστα, θυμίζει πάρα πολύ τη σειρά των χωρών με βάση το συνολικό Ακαθάριστο Εγχώριο Προϊόν (ΑΕΠ), έναν δείκτη που αντικατοπτρίζει την οικονομική δραστηριότητα αλλά και το μέγεθος της κάθε χώρας (η Ελλάδα στη σχετική λίστα βρίσκεται, παρά την ύφεση, στην 43η θέση παγκοσμίως, http://data.worldbank.org/, στοιχεία 2012-2013). Κατά συνέπεια, ο συντελεστής συσχέτισης του δείκτη WFC με το ΑΕΠ των χωρών της ΕΕ, αλλά και με το συνολικό ποσό επένδυσης στην έρευνα για κάθε χώρα, είναι περίπου 95%. Όσο περισσότερα λεφτά έχεις, τόσο περισσότερη έρευνα υψηλής ποιότητας παράγεις. Καμμία έκπληξη. Αξίζει να σημειωθεί, ότι αν η ανάλυση επαναληφθεί στις πρώτες 33 χώρες στη λίστα του Nature (που περιλαμβάνει πάνω-κάτω τις περισσότερες χώρες του ΟΟΣΑ), τα αποτελέσματα είναι παρόμοια.

Ένας σταθμισμένος δείκτης που είναι ανεξάρτητος απο την ποσότητα της έρευνας και το μέγεθος της χώρας, βασίζεται στις αναφορές των δημοσιευμένων επιστημονικών εργασιών απο άλλες επιστημονικές εργασίες (http://www.scimagojr.com, στοιχεία 2011-2013). Εκφράζεται ως ο λόγος των αναφορών προς τον αριθμό των εργασιών, και κάνει μια εκτίμηση της απήχησης της έρευνας, χωρίς παραδοχές για την ποιότητα του περιοδικού δημοσίευσης. Επειδή είναι ήδη σταθμισμένος, δείχνει μια μάλλον αμελητέα συσχέτιση με το ΑΕΠ και το συνολικό ποσό επένδυσης στην έρευνα, αλλά μια αξιοπρόσεχτη συσχέτιση μόνο με το ποσοστό του ΑΕΠ που επενδύεται στην έρευνα, ~70%. Όσο περισσότερα λεφτά βάζεις στην έρευνα αναλογικά με το ΑΕΠ, τόσο πιό μεγάλη απήχηση έχει η έρευνα που παράγεις.

Με βάση τις υψηλές συσχετίσεις αυτών των τριών ζευγαριών αξιολόγησης, μπορέσαμε να φτιάξουμε ένα απλό μοντέλο που προβλέπει τον δείκτη WFC με βάση το ΑΕΠ και με βάση το συνολικό ποσό επένδυσης στην έρευνα, και τον δείκτη ετεροαναφορών ανά εργασία με βάση το ποσοστό του ΑΕΠ που επενδύει καθε χώρα στην έρευνα. Από αυτό το μοντέλο μπορούμε να υπολογίσουμε την απόκλιση, θετική ή αρνητική, κάθε χώρας απο το αναμενόμενο.

Η Ελλάδα τα πάει κατά 29% καλύτερα απο το αναμενόμενο με βάση το ποσοστό του ΑΕΠ που επενδύεται στην έρευνα (και βρίσκεται στην δεύτερη θέση) και κατά 48% καλύτερα απο το αναμενόμενο με βάση το συνολικό ποσό επένδυσης στην έρευνα, και βρίσκεται στην τρίτη θέση μαζί με το Ηνωμένο Βασίλειο (48%). Όταν όμως συγκρίνουμε την απόκλιση της Ελλάδας με βάση το συνολικό ΑΕΠ, αυτή βρίσκεται στο -15% απο το αναμενόμενο, στην 19η θέση ανάμεσα στις χώρες της ΕΕ.

Η ανάλυση αυτή είναι φυσικά περιορισμένη, και η επιλεγμένη μεθοδολογία (εκθετικά μοντέλα, μέτρηση απόκλισης ως ποσοστό διαφοροποίησης της πραγματικής τιμής απο την αναμενόμενη), καθώς και τα πρωτογενή δεδομένα (επιλογή δεικτών) μπορούν να αμφισβητηθούν. Επίσης, θα πρέπει να σημειώσουμε οτι σε όλες αυτές τις αναλύσεις η συσχέτιση (correlation) δεν σημαίνει υποχρεωτικά αιτιώδη συνάφεια (causation), αν και ειδικά στην περίπτωση του ζεύγους ΑΕΠ και ερευνητική παραγωγή, υπάρχουν εμπειρικά και θεωρητικά δεδομένα που να υποστηρίζουν μια τέτοια σχέση. Σε κάθε περίπτωση, πιστεύουμε οτι η ανάλυση αυτή είναι χρήσιμη και μπορεί να βοηθήσει στην εξαγωγή κάποιων συμπερασμάτων.

Το μήνυμα απο αυτή την ανάλυση είναι κατά την γνώμη μας απλό: καμμία μα καμμία βελτίωση δεν είναι δυνατόν να γίνει στην ποιότητα της Ελληνικής έρευνας εάν δεν αυξηθεί το ποσοστό του ΑΕΠ που επενδύεται στην έρευνα. Η Ελλάδα με βάση το απόλυτο ποσό αλλά και το ποσοστό του ΑΕΠ που επενδύεται στην έρευνα, τα πάει εξαιρετικά σε σχέση με την συντριπτική πλειοψηφία άλλων Ευρωπαϊκών χωρών. Τα πάει όμως μάλλον άσχημα ή μέτρια σε σχεση με το (κουτσουρεμένο λόγω ύφεσης) ΑΕΠ της, για τον απλό λόγο οτι ελάχιστο ποσοστό του ΑΕΠ επενδύεται στην έρευνα. Απο τα μικρότερα στην Ευρώπη, και λιγότερο απο το 1/3 του Ευρωπαϊκού στόχου για 2.1% επί του ΑΕΠ (0.69%).

Ο Παντελής Μπάγκος ειναι επίκουρος καθηγητής στο Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας με ειδίκευση στην Βιοπληροφορική.

Ο Αναστάσης Περράκης ειναι διευθυντής ερευνών στο Ολλανδικό Ινστιτούτο για τον καρκίνο με ειδίκευση στην Βιοχημεία και την Βιοπληροφορική



Μπάγκος Παντελής, Περράκης Αναστάσης
http://www.tovima.gr/opinions/useropinions/article/?aid=653927

IntDaMuS (2nd call)

posted Apr 3, 2014, 10:45 PM by Pantelis Bagos

Πρόσκληση Εκδήλωσης Ενδιαφέροντος για υποβολή προτάσεων προς σύναψη 2 συμβάσεων έργου ιδιωτικού δικαίου, για την παροχή έργου στο πλαίσιο υλοποίησης της ενταγμένης πρότασης με τίτλο: Ενοποίηση δεδομένων από διαφορετικές πηγές: μια γεφύρωση της επιδημιολογίας με τη βιοπληροφορική με εφαρμογές στις πολυπαραγοντικές ασθένειες Integration of data from multiple sources: a fusion of epidemiology and bioinformatics with applications to complex diseases Κωδικός 3198_Ακρωνύμιο IntDaMuS στη δράση ΑΡΙΣΤΕΙΑ ΙΙ της ΓΓΕΤ, η οποία εντάσσεται στο πλαίσιο του 4ου Στρατηγικού Στόχου του Επιχειρησιακού Προγράμματος (Ε.Π.) «Εκπαίδευση και Δια Βίου Μάθηση» (ΕΠΕΔΒΜ), με τίτλο «Ενοποίηση δεδομένων από διαφορετικές πηγές: μια γεφύρωση της επιδημιολογίας με τη βιοστατιστική με εφαρμογές στις πολυπαραγοντικές ασθένειες» ΕΘΝΙΚO ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΑΝΑΦΟΡΑΣ ΕΣΠΑ 2007-2013.

http://ee.uth.gr/index.php?option=com_remository&Itemid=145&func=fileinfo&id=374

IntDaMuS

posted Jan 29, 2014, 7:46 AM by Pantelis Bagos



Πρόσκληση Εκδήλωσης Ενδιαφέροντος για υποβολή προτάσεων προς σύναψη 6 συμβάσεων έργου ιδιωτικού δικαίου, για την παροχή έργου στο πλαίσιο υλοποίησης της ενταγμένης πρότασης με τίτλο: Ενοποίηση δεδομένων από διαφορετικές πηγές: μια γεφύρωση της επιδημιολογίας με τη βιοστατιστική με εφαρμογές στις πολυπαραγοντικές ασθένειες Integration of data from multiple sources: a fusion of epidemiology and bioinformatics with applications to complex diseases (IntDaMuS) 3198 στη δράση ΑΡΙΣΤΕΙΑ ΙΙ της ΓΓΕΤ, η οποία εντάσσεται στο πλαίσιο του 4ου Στρατηγικού Στόχου του Επιχειρησιακού Προγράμματος (Ε.Π.) «Εκπαίδευση και Δια Βίου Μάθηση» (ΕΠΕΔΒΜ), με τίτλο «Ενοποίηση δεδομένων από διαφορετικές πηγές: μια γεφύρωση της επιδημιολογίας με τη βιοστατιστική με εφαρμογές στις πολυπαραγοντικές ασθένειες» ΕΘΝΙΚO ΣΤΡΑΤΗΓΙΚΟ ΠΛΑΙΣΙΟ ΑΝΑΦΟΡΑΣ ΕΣΠΑ 2007-2013.

Hμερ.νια λήξης:Τετάρτη 12 Φεβρουαρίου 2014

http://ee.uth.gr/index.php?option=com_remository&Itemid=145&func=fileinfo&id=340

Two positions for post-doctoral research fellows

posted Dec 10, 2013, 10:05 AM by Pantelis Bagos   [ updated Dec 10, 2013, 10:07 AM ]

The Computational Genetics lab of the Department of Computer Science and Biomedical Informatics of the University of Thessaly, is going to hire two (2) full-time post-doctoral researchers for the research project «Integration of Data from Multiple Sources (IntDaMuS)» (ARISTIA ΙΙ, funded by the General Secretariat for Research and Technology).

The first position (18 months) refers to a scientist with PhD in Biostatistics or Statistics, with experience in some of the following areas:

-genetic epidemiology

-statistical methods in epidemiology

-genomewide association studies

-meta-analysis

-programming in STATA/R

-Bayesian statistics

The second position (12 months) refers to a scientist with PhD in Bioinformatics or Computer Science, with experience in some of the following areas:

-biological sequence analysis

-microarray data analysis

-databases

-hidden Markov models and neural networks

-programming in C/Java

Potential candidates should contact Dr Pantelis Bagos (pbagos@compgen.org) for more information.

1-10 of 34